(2012年10月1日)
官房審議官 水管理・国土保全局担当（農林水産省官房付）秋本佳則
官房参事官 鉄道局担当（運輸政策研究機構国際問題研究所国際業務室主任調査役）松本勝利
土地・建設産業局総務課長（官房付）上田洋平
航空戦略課長（内閣法制局参事官）海谷厚志
東京空港事務所長（航空局管制課長）鈴木正則
航空局管制課長（大阪航空局保安部長）鈴木昌智
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(2012年9月14日)
公共交通政策部長（官房政策評価審議官兼秘書室長）藤田耕三
官房政策評価審議官兼秘書室長（観光庁総務課長）大塚洋
観光庁総務課長（鉄道建設・運輸施設整備支援機構総務部長）河野春彦
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(2012年9月10日)
辞職（官房審議官 総合政策局、土地・建設産業局担当）首都高速道路会社へ、大藤朗
同（官房審議官 都市生活環境担当）都市再生機構審議役へ、小林昭
同（官房付、前厚生労働省官房審議官 職業能力開発担当）西日本高速道路会社常務執行役員兼事業開発本部長へ、桑田俊一
同（東京航空局長）軽自動車検査協会監事へ、江口稔一
同（官房付、前内閣府沖縄振興局参事官 振興第一担当）本州四国連絡高速道路会社総務部長へ、朝比奈志浩
同（官房付、前経済産業省官房参事官 プロジェクトチーム・環境担当）鉄道建設・運輸施設整備支援機構総務部付へ、大高豪太
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(2012年8月10日)
近畿地方整備局副局長（国土地理院総務部長）伊藤英隆
国土技術政策総合研究所長（近畿地方整備局長）上総周平
近畿地方整備局長（独立行政法人水資源機構副理事長）谷本光司
北海道開発局農業水産部長（北海道局農林水産課長）仲家修一
鉄道局総務課長（幹線鉄道課長）蒲生篤実
北海道局農林水産課長（農林水産省農村振興局整備部付）永嶋善隆
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